2016 m. rugsėjo 15 d. Mažosios Lietuvos istorijos muziejus organizavo teatralizuotą renginį „Vakaras Bachmano dvare“. Jis vyko viename iš Bachmano dvarvietės pastatų, kuris šiuo metu priklauso Klaipėdos valstybinei kolegijai. Renginio metu pristatytą kilnojamąją parodą „Iš Bachmano dvaro praeities“ buvo galima apžiūrėti lauko ekspozicijoje iki spalio 14 d.

2016 m. rugpjūčio 23 d. prie Klaipėdos teritorinės muitinės pastato, kuriame įsikūrusi Rezistencijos ir tremties ekspozicija vyko atminimo lentos tardytiems, kalintiems ir kankintiems Lietuvos piliečiams pagerbti atidengimo ceremonija. Ją organizavo Klaipėdos politinių kalinių ir tremtinių sąjunga kartu su Mažosios Lietuvos istorijos muziejumi.

2016 m. rugpjūčio 1 d. Mažosios Lietuvos istorijos muziejaus kiemelyje nuo 16.00 val. iki 22.00 val. vyko Klaipėdos miesto gimtadienio šventė. Jos metu veikė karių bei amatininkų stovykla, skambėjo senovinė muzika, vyko riterių ir vikingų turnyrai, buvo žaidžiami archajiški žaidimai.

2016 m. liepos 5 d. Mažosios Lietuvos istorijos muziejuje buvo atidaryta vieno ryškiausių Lietuvos knygos bei plakato meno meistrų, LR Vyriausybės kultūros ir meno premijos laureato, Lietuvos didžiojo kunigaikščio Gedimino ordino Riterio kryžiaus kavalieriaus, dailininko B. Leonavičiaus darbų paroda „Tiktai per paukščio skrydį“. Ji muziejuje veikė iki rugsėjo 11 d.

2016 m. birželio 14-ąją – Gedulo ir vilties dieną – nuo 10 val. iki 16 val. Mažosios Lietuvos istorijos muziejaus Rezistencijos ir tremties ekspozicijoje (S. Nėries g. 4, Klaipėda) vyko atvirų durų diena. 

2016 m. gegužės 21 d. Mažosios Lietuvos istorijos muziejuje nuo 20 iki 24 val. vyko „Muziejų nakties“ renginys „Atradimo džiaugsmas“. Dalyvavimas buvo nemokamas.

2016 m. gegužės 18 d. Mažosios Lietuvos istorijos muziejuje atidaryta paroda „Pagalvok prieš išgerdamas: žinok apie poveikį, tradicijas, kultūras“. Ją parengė Lietuvos liaudies buities muziejus vykdant Europos Komisijos Grundtvig programos mokymosi partnerysčių projektą. Paroda muziejuje eksponuota iki birželio 25 d.

2016 m. balandžio 21 d. Mažosios Lietuvos istorijos muziejuje atidaryta tradicinė Klaipėdos miesto mokinių fotografijos darbų paroda „Polėkis“. Ji čia buvo eksponuojama iki gegužės 14 d. 

2016 m. balandžio 19 d. Mažosios Lietuvos istorijos muziejuje atidaryta Petro Balsio medžio drožinių paroda. Jos atidaryme dalyvavo ir darbų autorius. Paroda muziejuje veikė iki gegužės 14 d.

2016 m. balandžio 19 d.  Mažosios Lietuvos istorijos muziejuje atidaryta Virgilijaus Jankausko fotografijos paroda „Stačios akys medinių dievukų“ iš ciklo „Tikėjimas“. Jos atidaryme dalyvavo ir pats autorius. Paroda muziejuje veikė iki gegužės 14 d.

2016 m. balandžio 8 d. Mažosios Lietuvos istorijos muziejuje vyko Vytenio Almonaičio ir Junonos Almonaitienės knygos „Šiaurės Skalva: keliautojo po Pagėgių kraštą žinynas“ pristatymas. 

2016 m. balandžio 2 d. (šeštadienį) Mažosios Lietuvos istorijos muziejus drauge su Jiuliaus Liudviko Vynerio labdaros ir paramos fondu kvietė miestiečius į tradicinę „Vynerio arbatėlę“ Skulptūrų parke.