Muziejaus fonduose saugomi Bandužių kapinyno tyrinėjimų metu rasti radiniai. Kapinynas yra buv. Bandužių kaime, pietrytinėje Klaipėdos pusėje. Apie kapinyną buvo žinoma dar prieškaryje. 1935 m. jį tyrinėjo E. Nauburas. 1931–1939 m. Klaipėdos Kraštotyros muziejaus (dabar Klaipėdos Mažosios Lietuvos istorijos muziejaus) archyvų knygoje įrašytas 101 dirbinys iš Bandužių kapinyno. Tačiau didžioji dalis šio rinkinio dingo karo metais. Spėjama, kad išlikę 6 radiniai yra iš Bandužių kapinyno. Tai – tordiruota žalvarinė antkaklė su kabliuku ir kilpele (VII–IX a.), žalvarinė lankinė segė aguoniniais galais (VIII–IX a.), žalvarinė pasaginė segė gyvuliniais galais, pasaginė žalvarinė segė žvaigždiniais galais (X–XIII a.), žalvarinis emaliuotas kamanų apkalas (II a.), žalvarinė emaliuota apskritine segė (II a.). 

1974 m. žvalgomosios ekspedicijos, kurią surengė Lietuvos istorijos institutas (vad. habil. dr. L. Vaitkunskienė), metu surinkti radiniai taip pat saugomi muziejaus fonduose.

Sistemingi šio kapinyno tyrinėjimai buvo pradėti 1985 metais. Juos vykdė Lietuvos istorijos institutas (tyrinėjimų vadovas – archeologas Jonas Stankus). Aptikti 79 griautiniai ir degintiniai kapai apima visus tris geležies amžiaus laikotarpius – senąjį, vidurinįjį, vėlyvąjį (I–XIII a.). Bandužių kapinynas – tai kuršių genčių kultūros palikimas, turintis skalvių genčių kultūros bruožų.
Muziejaus fonduose saugomi 879 įvairūs žalvariniai ir geležiniai dirbiniai: papuošalai, darbo įrankiai, buities reikmenys, ginklai, monetos.
Iš rinkinio galvos papuošalų grupės pažymėtinas moters kape rastas geriausiai išsilaikęs apgalvis, sudarytas iš 12 eilių gelsvų emalio karoliukų, sumautų ant plonų žalvarinių vielelių. Kaklo papuošalai: įvairios žalvarinės vytinės, su kilpele, kūginiais galais, dėželinės, tordiruotu lankeliu, dvigubu lankeliu antkaklės. Įdomios ir karolių apvaros, vėriniai, sudaryti iš įvairiai suvertų gintaro, emalio, žalvario karoliukų.

Rinkinyje gausu ir krūtinės papuošalų: įvairių tipų lankinių segių – iš jų pažymėtina sidabrinė lankinė žieduotoji segė (Pl. 50, kv. 10 B) V–VIII a., taip pat įvairių tipų pasaginių segių. Prie krūtinės papuošalų priskirtini ir smeigtukai: statinėlinis, žiedinis, lazdelinis, kryžiniai, apskritomis galvomis smeigtukai. Iš visų krūtinės papuošalų išskirtinas įspūdingas krūtinės papuošalas iš moters kapo Nr. 74. Jį sudaro 2 rozetiniai smeigtukai, prie jų prikabinti pusmėnulio ir kvadrato formos pakabučiai. Visų pakabučių paviršiai buvo dengti plonomis alavo plokštelėmis. Viso papuošalo svoris – 1120 g. Pakabučių forma, ažūro elementai būdingi kitiems panašiems baltų papuošalams. Tačiau šių pakabučių komplektas unikalus. Analogiško papuošalų komplekto Baltijos jūros baseino šalyse nerasta.
Įmantrus krūtinės papuošalas rastas iš moters kapo Nr. 85. Jį sudaro 26 varpelių formos pakabučiai.
Rankų papuošalai: įvairių tipų apyrankės, žiedai.
Didelę dali rinkinio sudaro darbo irankiai, buities reikmenys, karių aprangos, žirgo kamanų detalės. Tai įvairūs geležiniai peiliai, dalgių fragmentai, kirviai, skaptai, miniatiūriniai kirveliai, galąstuvai, ylos, skustuvai, skiltuvai, cilindrinės spynos ir raktas, moliniai puodeliai, svarstyklės ir svoreliai, verpsteliai, audimo įrankiai, geriamojo rago apkalai, balnakilpės, pentinai, žąslai. Pažymėtinos kape Nr. 33 palaidoto amatininko įkapės, kurias sudaro: plačiaašmenis kovos kirvis, smeigtuko pusfabrikatis, žalvarine perlaužta ornamentuota lazdelė, vytos žalvarinės vielos.
Didelę Bandužių kapinyno radinių kolekcijos dalį sudaro ginklai, rasti velyvuose degintiniuose kapuose (XI–XII a.). Kape Nr. 43B rastas dviašmenis kalavijas, bendras ilgis – 99 cm, konservuotas. Įspūdingi ir kalavijų makščių apkalai, tulpės žiedo formos, lietiniai, ornamentuoti.
Ginklams atstovauja ir kovos kirviai. Jie yra įvairių tipų įmoviniai, įtveriamieji ietigaliai, skydų geležiniai antskydžiai. 

Muziejaus fonduose saugomi Vidgirių kapinyno 1986 ir 1987 m. archeologinių tyrinėjimų metu surinkti radiniai (ekspedicijos vadovas – archeologas Valdemaras Šimėnas). Vidgirių kapinynas, esantis Šilutės rajone, datuojamas V a. vid.–VI a. Mirusieji laidoti su gausiomis ir brangiomis įkapėmis. Vyrų kapuose labai daug ginklų, daugiausia ietigalių. Ypač daug kovos peilių-durklų, daug žirgo ir raitelio aprangos elementu: pentinų, žąslų. Daug ir papuošalų, darbo įrankių: dalgis, verpstukas, yla. Labai įdomūs ir saviti moterų galvos papuošalai. Tai apgalviai iš kibirėlio formos sidabro skardelių-cilindriukų, užpildytų vašku. Galvos viršugalvį puošė geležiniai virbo formos smeigtukai. Kapui Nr. 11 priklauso masyvi žalvarinė lankinė segė gyvuline kojele. Būdingi gintaro karolių pakabučiai prie juosmens ir rankų. Išskirtinas kapas Nr. 2, kuriame rasti sidabro papuošalai: unikali sidabrinė paauksuota gyvulinė segė, ornamentuota juodinimo technika. Prabanga pasižymi ir kiti Vidgirių kapinyno sidabriniai papuošalai: žvaigždinės segės sidabrinė plokštelė, sidabrinių antkaklių fragmentai, sidabrinės apyrankės bei jų fragmentai. 

Muziejaus fonduose saugoma Užpelkių kapinyno (Kretingos raj.) 1991–1996 m. archeologinių tyrinėjimų, kuriems vadovavo archeologė Audronė Bliujienė, metu surinkti radiniai. Kapinynas datuojamas IV–VI a. Gausų archeologinių radinių rinkinį sudaro įvairių tipų papuošalai: segės, antkaklės, apyrankės, žalvariniai ir sidabriniai žiedai, smeigtukai, darbo įrankiai: galąstuvai, kirviai, dalgių fragmentai, ginklai – įvairių tipų ietigaliai, žirgo kamanų reikmenys – žąslai ir t. t. Užpelkių kapinynas pasižymi gintaro dirbinių gausumu. Jame rasta nemažai Basonijos tipo gintaro karolių, gintaro kabučių, natūralaus gintaro gabalas – amuletas. Moters kape Nr. 86 rasti du gintaro karolių vėriniai, iš viso 19 karolių. 

Klaipėdos rajone, Dovilų apylinkėje, esantys Baitų senkapiai buvo žinomi nuo XIX a. pab., kai žvalgomuosius tyrinejimus čia vykdė A. Bezzembergeris ir E. Scheu. 1989, 1990, 1991, 1993, 1995 metais Baitų kapinyno archeologinius tyrinėjimus vykdė Mažosios Lietuvos istorijos muziejus, ekspedicijai vadovavo archeologė Rasa Banytė. Tų metų tyrimų metu surinkti radiniai saugomi muziejaus fonduose. Kapinynas datuojamas III–V a. Kapuose rasta įvairių papuošalų: segių, apyrankių, karolių vėrinių, antkaklių ir jų fragmentų, miniatiūrinių puodelių, buities reikmenų. Įdomūs gintaro dirbiniai, rasti 1989, 1990, 1993 metais Baitų plokštinio kapinyno su akmenų vainikais kapavietėse (IV a.–V a. pr.). Tai grybo formos gintarinis kabutis iš moters kapo Nr. 2, vabalo formos gintariniai kabučiai, rasti berniuko kape Nr. 4 bei simboliniame žirgo kape Nr. 22. 

Palangos viduramžių gyvenviečių tyrinėjimo pradžia laikytini 1976 m., kai tuometinio Paminklų konservavimo instituto Archeologijos skyrius pradėjo kasinėti Birutės kalno aikštelę (vadovas V. Žulkus). 1979 m. žvalgomieji archeologiniai kasinejimai Birutės kalne buvo atliekami ruošiant koplyčios restauravimo ir kalno aikštelės perplanavimo projektą. Nuo tada pradėjo dirbti vadinamoji „Palangos ekspedicija“, kuriai vadovavo V. Žulkus. Iki 1989 m. ekspedicija buvo organizuojama Paminklų konservavimo instituto, 1990 m. – Lietuvos kultūros fondo klubo „Budys“, 1991 m. – Klaipėdos Mažosios Lietuvos istorijos muziejaus, o nuo 1993 m. – Klaipėdos universiteto Vakarų Lietuvos ir Prūsijos istorijos centro. Klaipėdos Mažosios Lietuvos istorijos muziejaus fonduose saugoma Palangos Žemaičių kalnelio 1990, 1991 metų tyrinėjimų medžiaga. Gausią rinkinio dalį sudaro lipdyta keramika, moliniai cilindro formos audimo pasvarai, akmeniniai pasvarai, gintariniai dirbiniai, akmeniniai galąstuvai. Iš papuošalų pažymetina plokštinė kampuota žalvarinė segė iš kapo Nr. 46, taip pat nemaža pasaginių segių, įvairių tipų žiedų.
Muziejaus fonduose saugoma ir Birutės kalno Palangoje tyrinėjimų, vykdytų 1977, 1990, 1993 m., medžiaga, Palangos II gyvenvietės 1987, 1988, 1989 m. archeologinių tyrinėjimų metu surinkti radiniai. 

Muziejuje saugoma Žardės senovinės gyvenvietės 1990, 1991, 1993, 1994, 1996, 1999 metu archeologinių tyrinėjimų medžiaga. 1990, 1991 metais tyrinejimus vykdė Klaipėdos restauravimo ir projektavimo instituto archeologai, vadovas – Jonas Genys. Nuo 1993 metų tyrinėjimus vykdė Klaipėdos Mažosios Lietuvos istorijos muziejus, ekspedicijoms vadovavo muziejaus direktorius Jonas Genys.
Žardės gyvenvietės archeologinių radinių rinkinį sudaro daug X–XIII a. keramikos šukių. Vyrauja žiestos šukės, puoštos horizontaliomis rievelėmis, bangelėmis, dalis keramikos importuota. Žiestinei keramikai būdingas turtingas ornamentas: pynutę imituojantis volelis, štampuotas šukelinis ornamentas, įstrižų įkartų ir bangelių kompozicija. Ypač retos šukės, puoštos trikampių duobučių juosta bei bangele briaunos viršuje. Tarp kitų radinių išskirtina kūgio formos audimo staklių svorelis, liejimo tiglis, laivų geležinės kniedės, akmeniniai galąstuvai, molinis audimo staklių pasvaras. Iš papuošalų pažymėtini statinaitės formos emalio karolis su „aštuoniukės“ ir trijų akučių ornamentu, plokščias suspausto rutulio formos mėlyno stiklo karolis, žalvarinė pasaginė pastorintais galais segė, žalvarinė plokštinė kryžinė segė, kelios žalvarinės įvijos.
2001–2003 metais Mažosios Lietuvos istorijos muziejaus archeologinių radinių fondai pasipildė radiniais iš VII–VIII a. Slengių kapinyno bei Romų-Zeigių senovinės gyvenvietės. Kasinėjant 2001 metais Slengių kapinynų aptikta keletas miniatiūrinių lipdytų puodelių, gintariniai ir smiltainio verpstukai, geležiniai ietigaliai, žalavariniai dirbiniai: įvijiniai žiedai, lankinė segė, gintariniai karoliukai. 2004 metais Bandužių kapinyne aptiktas moters kapas Nr. 91, datuojamas II–III amžiumi. Jame buvo rasti du vėriniai iš emalio, žalvario karolių, kurie buvo dekoruoti itin retais Berlock IV tipo ir kiaurakryžmiais kabučiais. Taip pat apyrankės, labai profiliuota su dviem skydeliais segė, yla bei galvos srityje adata-smeigtukas.
Vertingi radiniai pateko į muziejaus fondus iš Romų-Zeigių senovinės gyvenvietės. Tai lipdytos keramikos grublėtu paviršiumi fragmentais, kurių pavyzdžių iki šiol muziejus neturėjo. Pirminiais duomenimis, ši keramika datuojama tūkst. po Kr. I pus. 

Muziejaus fonduose saugoma apie 27 000 archeologinių radinių, rastų tyrinėjant Klaipėdos senamiestį. Tai radiniai iš įvairių objektų, kurių stambiausi: Klaipėdos piliavietė, Teatro aikštė, sklypas prie Tomo, Didžiosios Vandens, Vežėjų gatvių, Žvejų, Sukilėlių gatvės, Frydricho, Vites bei Krūmamiesčio priemiesčiai ir kt. senamiesčio objektai. Jų radiniai kaupiami nuo 1974 metų. Klaipėdos senamiestį tyrinėjo archeologai: dr. V. Žulkus, dr. J. Genys, E. Paleckis, R. Sprainaitis, D. Elertas, R. Banytė, V. Bračiulis, R. Bračiulienė.
Seniausi radiniai iš Klaipėdos senamiesčio siekia XIV–XV a. Keramika iš šių amžių daugiausia išdegta redukcinėje aplinkoje, dominuoja ratelinio geometrinio ornamento dekoras. XV a. kultūriniuose sluoksniuose aptikta vadinamosios baltosios (Reino) keramikos radinių, kurių dugnai buvo dekoruojami bangele. Įdomus prekybinis antspaudas, rastas Žvejų gatvėje (XV a.) ir skirtukas iš Klaipėdos piliavietės. Yra daug Klaipėdos piliavietėje rastų geležinių kaltinių vinių – apie 300 vnt., kniedžių, naudotų laivų, žvejų valčių ir kitose medžio konstrukcijose. Iš XIV a. antrosios pusės darbo įrankių pažymėtini masyvus žalvario liejinys, peilio geležtė, žalvarinės lydymo krosnelės gardelės fragmentas, akmeninės dvipusės liejimo formos dalis, nebaigti rago dirbiniai. Tinklų molinių pasvarų Klaipedos piliavietėje rasta net 16, vienas iš jų yra cilindro formos. Piliavietės kultūriniame sluoksnyje rasta sidabrinė 1,1 cm skersmens moneta, kaldinta Torunėje Ordino Didžiojo magistro Vinricho fon Kniprodės laikais (1351–1382 m.). Iš kaulo ir rago dirbinių – du apdegusių kaulinių šukų fragmentai, nemaža apdirbto kaulo ir rago ruošinių. Retas radinys – pirmą kartą Lietuvoje aptiktas žaidimo kauliukas. Jis pagamintas iš rago, yra žemo cilindro formos, su akutėmis viršutinėje dalyje. Turime ir keletą papuošalų iš piliavietės teritorijos. Tai baltams būdingi radiniai – pasaginė išplatintais galais segė ir žiedas. Iš ginkluotės reikmenų yra strėlių antgalių: XIV a. sluoksniuose ju rasta 266 vienetai. Vienas iš jų masyvus – 13 cm ilgio. Muziejaus fonduose saugomi ir piliavietėje rasti akmeniniai patrankų sviediniai, architektūrinės keramikos pavyzdžiai: figūrinės plytos, lovinės (“vienuoliškosios”), kraiginės, plokščiosios čerpės ir kt. Brangiausias Klaipėdos piliavietės radinys – renesansinis auksinis žiedas su deimanto akute.
Iš XVI a. Klaipėdos senamiesčio kultūrinių sluoksnių radinių yra sudarytas įvairių tipų, įdomių ornamentų krosnių koklių ir jų fragmentų rinkinys. Kiekvienai koklių rūšiai (plokštiesiems, karniziniams, fryziniams, kartušo formos, karūnėlėms ir kt.) būdingas savitas ornamentas. Seniausi yra kvadratiniais įdubimais (XVI a. pab.–XVII a.), treliažu puošti plokštieji kokliai simetrišku stilizuotu augaliniu ornamentu, gausu plokščiųjų koklių, puoštų augaliniu ir architektūriniu motyvu (XVI a. pab.–XVIII a.), plokštieji neglazūruoti kokliai dumbančiu vidumi, puošti stilizuotu augaliniu motyvu (su žiedo pumpuru centre), plokštieji kokliai, puošti „kiliminiu“-augaliniu ornamentu (XVII a. vid.). Idomūs Klaipėdos senamiestyje (Teatro aikštėje, Didžiojoje Vandens gatvėje) XVI a. kultūriniuose sluoksniuose aptikti kokliai– dekoratyvinės plokštės, puoštos figūromis, portretais, bibliniais siužetais. Pažymėtinas XVI a. karnizinis neglazūruotas koklis iš Teatro aikštės, puoštas heraldiniu motyvu.
Muziejaus fonduose yra restauruotos XVI a. keramikos pavyzdžių: juodosios keramikos XVI a. pirmosios pusės puodai, puodynės, keptuvės, puodeliai ant kojelių, gertuvė, įspūdingos formos dekoratyvinė vaza-gertuvė.
Iš Klaipėdos senamiesčio vėlesnių amžių sluoksnių (XVIII–XIX a.) surinkta gausybė keramikos pavyzdžių (dalis indų restauruota), stiklinių butelių, darbo įrankių ir kt. Įdomiai dekoruotų, neblogai išsilaikiusių dubenų rasta sklype tarp Tomo, Didžiosios Vandens, Vežėjų gatvių. Dubenys angobuoti, glazūruoti, puošti ovais (ovaliniais laukais ir stilizuotu augaliniu ornamentu). Įdomus dubuo-lėkštė, kurios vidinė pusė puošta balto angobo stačiakampių, trikampių ornamentu, glazūruota žaliai, lėkštės skersmuo – 34 cm. Lėkštė restauruota. Iš minėto sklypo įdomesnių radinių yra trys tualetiniai akmens masės puodai, glazūruoti, šonuose puošti mėlynos glazūros augaliniu, heraldiniu motyvu. Datuojami XVIII a. pab.

XVIII a. kultūriniuose sluoksniuose surinkta nemažai kaolino molio olandiškų pypkelių fragmentų. Klaipėdoje rasta keli šimtai pypkelių ir jų dalių. Tai įvairių dydžių ir tipų galvutės ir didžiulis skaičius kotelių fragmentų. Galvutės puoštos rateliniu smulkių stačiakampių ar duobučių ornamentu. Šonai lygūs arba puošti reljefiniais lašo formos iškilimais – ovais. Vamzdeliai puošti ratelinių dantytu rombų, kvadratėlių, apskritimų, reljefiniu stilizuotu augaliniu, tordiruotu ornamentu. XVIII a. viduriu datuojamos Olandijoje pagamintos pypkelės su užrašu ant kotelio „Werwesse Gouda“, o XVIII a. antrąja puse – „Fabrique Rostin“.
Dalis Klaipėdos senamiesčio tyrinėjimų metu surinktų radinių puikiai papildo Klaipėdos pilies muziejaus ekspoziciją.